В начале о том, как указать основное зеркало сайта: традиционный метод – директива Host в robots.txt, прописывается так: Host: www.site

Если сайт уже проиндексировался на «неправильном» зеркале, например с www., то вот вам список действий чтобы убрать www:

0. Подумать два раза, действительно ли вам нужно это делать? Остановиться и отыграть всё обратно – можно, однако большой риск внести путаницу, потерять трафик и несколько месяцев ждать нормальной индексации.
1. Переписать все внутренние ссылки на ссылки без www. Если используется CMS – указать в настройках формат ссылок, на WordPress это делается во вкладке Параметры, Общие ( /wp-admin/options-general.php ), Адрес сайта (URL).
2. Добавляем директиву Host в robots.txt
3. Делаем sitemap с адресами без www в панели вебмастеров Гугла и Яндекса.
4. Указываем в панелях вебмастеров Гугла и Яндекса адрес без www (об этом подробности ниже).
5. Когда сайт уже будет в индексе без www, в .htaccess добавляем редирект с www, на адреса без www:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.site.ru
RewriteRule (.*) http://site.ru/$1 [R=301,L]

Эти действия приведут к нахождению в поисковой выдаче нужного вам зеркала сайта. Гугл, как правило, реагирует на данные указания очень быстро, Яндекс же до последнего времени мог месяцами менять адреса страниц.

Однако теперь в панели вебмастера появилась возможность указать основное зеркало сайта: Настройка индексирования > Главное зеркало.