Вы начинаете игру за бывшего солдата корпорации «Шинра» Клауда Страйфа. Клауд присоединился к повстанческой группировке «Лавина»

Потерпев фиаско от боевых жаб, местные силы зла, воплощением которых является Тёмная Королева, возвращаются чтобы отомстить.

Главный герой игры Данте — исполин — сын демона и ангела. Он с рождения обладает способностью попадать мир демонов — Лимбо, который является искажённым отражением мира людей.