Команда Яндекс.Поиска опубликовала в своем блоге подробную инструкцию по указанию региональности сайта. Для того чтобы алгоритм правильно определял региональность Интернет-ресурса, поисковик рекомендует:

Прописывать полный адрес организации на сайте. При этом следует указывать индекс и телефонный код города. Причём координаты компании должны присутствовать не только в виде изображения, но и в виде распознаваемого поисковиком текста. Кроме того, Яндекс советует наполнять сайт с региональной направленностью материалами с географической привязкой. Поисковик подчёркивает: чем больше информации, ориентированной на пользователя определённого населённого пункта, тем выше позиция сайта в региональной выдаче.
Оповещать робот Яндекса о принадлежности сайта сразу к нескольким регионам. Сделать это можно, указав на сайте адреса и телефоны каждого из представительств компании в различных городах.
Прописать контактные адреса в сервисах: Яндекс. Вебмастер и Яндекс. Справочник.

Владельцам же сайтов, имеющих множество региональных версий Яндекс настоятельно рекомендует делать все страницы доступными для робота вне зависимости от IP-адреса. В противном случае, совершая обход индексирования с IP-адреса одного конкретного региона, робот Яндекса проиндексирует только одну из версий сайта, а не весь сайт.
Вебмастерам, на сайте которых скопилось столько информации о региональных представительствах, что хватило бы на отдельный сайт, Яндекс советует обойтись поддоменом.
Чтобы пользователю было проще идентифицировать региональность поддомена сайта, следует добавить в его адрес название соответствующего региона (spb.site.ru или moscow.site.ru).
Важно, чтобы региональный поддомен содержал контент, ориентированный на пользователей именно из того региона, для которого он создан.
Региональные поддомены должны быть включены в навигацию по основному сайту, чтобы посетитель мог с главной страницы перейти на ту, которая относится непосредственно к его региону.